STIPAS Keuskupan Agung Kupang mempunyai sejarah  awal yang unik di tengah situasi krisis multi dimensi yang meliliti bangsa ini. Krisis pendidikan nilai (iman dan moral) menjadi keprihatinan dasar dan mendorong berdirinya sekolah ini. Maka kehadirannya sungguh menjadi wujud tanggungjawab Gereja Keuskupan Agung Kupang dalam menjawabi tantangan zaman yang tengah berubah. Tantangan pastoral dalam pembinaan iman dan moral menuntut kehadiran tenaga-tenaga pastoral yang profesional dan bermutu (guru agama, katekis dan para aktivis paroki/KUB). Persoalan ini menjadi salah satu pokok pembicaraan para Uskup se-Nusa Tenggara dalam pertemuannya di Belo tanggal 6 Mei 2000. Bagi Gereja Keuskupan Agung Kupang, soal pengkaderan tenaga pastoral sudah dimulai agak lama. Sejak tahun 1983, Gereja Keuskupan Agung Kupang menunjukkan komitmennya dengan didirikannya SPGA. Komitmen ini ditingkatkan menjadi Program D2/D3 pada tahun 1988 yang berafiliasi di bawah IPI Malang. Akhirnya karena kebutuhan peningkatan jenjang pendidikan dari semua tenaga pastoral itu, maka pada tanggal 13 Nopember 2001 YM. Bapa Uskup Agung Kupang mendirikan Sekolah Tinggi Pastoral melalui SK. No. Prot.Uak.1-13-XII-2001. Untuk memayungi lembaga ini secara resmi, Uskup Agung Kupang membentuk sebuah Badan Penyelenggara STIPAS KAK melalui SK.No.Prot.Uak.1-14-XII-2001. Semua upaya pengembangan ini memperlihatkan adanya kepedulian yang tinggi untuk mewujudkan cita-cita Gereja yang mandiri dan solider. Kemandirian dan solidaritas ini harus dimulai dengan proses penguatan tonggak-tonggak Gereja sesuai dengan cita-cita Konsili Vatikan II. Tenaga-tenaga pastoral itu harus semakin disiapkan agar mereka sungguh memiliki integritas iman dan moral sehingga pantas menjadi garam dan ragi bagi dunia, pelayan dan pengabdi kebenaran iman dan ilmu.

Niat yang luhur dan mulia dari YM. Bapa Uskup Agung Kupang ini ditanggapi sangat positip oleh Dirjen Bimas Katolik RI dengan mengirim satu tim untuk mengadakan studi kelayakan. Sesudah itu Dirjen Bimas Katolik Departemen Agama RI merestui pendirian Sekolah Tinggi Pastoral Keuskupan Agung Kupang melalui SK Izin Operasional No. G/HK.00.5/2002 tanggal 21 Pebruari 2002. Sementara itu, kegiatan persiapan perkuliahan sudah dimulai sejak tahun akademiik 2001/2002 dengan menerima mahasiswa angkatan pertama yang berjumlah 1135 orang, yang transfer dari Program D2/D3 ke Jenjang Strata Satu (Sarjana Agama). Tepatnya tanggal 6 Nopember 2001 diadakan Misa Pembukaan tahun akademik secara resmi yang dipimpin oleh Rm. Piet Olin, Pr (Mantan Vikjen) yang adalah Ketua Badan Penyelenggara. Dengan demikian, tanggal 6 Nopember ditetapkan sebagai Hari Dies Natalis STIPAS Keuskupan Agung Kupang.

Karena program ini dipandang efektif dan membantu para mahasiswa yang sudah, sedang bekerja sebagai guru di berbagai daerah, maka kelas yang sama dibuka hampir di semua Keuskupan di NTT dengan nama: STIPAS KAK di Kupang, di TTS, di TTU, di Belu, di Alor, di Flores Timur, di Sikka, di Ngada, di Manggarai, di Sumba Barat dan di Sumba Timur. Dan pengelolaan di daerah diatur oleh sebuah pengurus daerah yang ditetapkan dengan SK Ketua STIPAS Keuskupan Agung Kupang. Untuk mengawasi jalannya kegiatan di daerah dibentuk satu tim monitoring yang terdiri dari: Vikjen Keuskupan masing-masing, Kakandepag, dan Kepala Diknas Kabupaten/Kota. Kegiatan perkuliahan yang diatur di masing-masing daerah tetap dipandu oleh STIPAS Pusat dalam hal kurikulum dan silabus. Setahun kemudian, yaitu pada tahun akademik 2002/2003, diterima mahasiswa angkatan kedua dengan kelas reguler, setelah Tim Direktorat mengadakan Akreditasi untuk peningkatan status. Tepatnya tanggal 25 Maret 2003, Dirjen Bimas Katolik mengeluarkan SK Status Terdaftar No. Dj.IV/HK.00.5/26A/2003 dengan satu jurusan yaitu Jurusan Kateketik Pastoral dan satu program studi: Pendidikan dan Pengajaran Agama Katolik.

STIPAS Keuskupan Agung Kupang terus berbenah diri. Sesuai  dengan tuntutan aturan serta Undang-Undang Pendidikan lembaga ini kembali beralih kepemilikan dari Badan Penyelenggara dan bernaung di bawah Yayasan Swasti Sari Keuskupan Agung Kupang tepatnya tanggal 01 Oktober 2013.  Setahun kemudian lembaga pendidikan ini pun TERAKREDITASI oleh BAN PT dengan Nomor 176/SK/BAN-PT/Akred/S/VI/2014. Setelah melalui proses yang cukup panjang dengan aneka upaya pembenahan, di tahun 2019 Prodi Pendidikan dan Pengajaran Agama Katolik Sekolah Tinggi Pastoral Keuskupan Agung Kupang kemudian berhasil meraih peringkat B Akreditasi BAN-PT dengan nomor SK. 1515/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2019. Selain itu, peningkatan kualitas STIPAS Keuskupan Agung Kupang yang semakin baik juga dibuktikan oleh Terakreditasnya STIPAS Keuskupan Agung Kupang pada tahun 2021 melalui SK BAN-PT Nomor 960/SK/BAN-PT/Akred/PT/XI/2021 yang meraih Peringkat Akreditasi Baik. Seiring berjalannya waktu dan tuntutan zaman, pada tahun 2022 Program Studi Pendidikan dan Pengajaran Agama Katolik berubah nama menjadi Pendidikan Keagamaan Katolik, diikuti dengan perubahan nomor SK BAN-PT menjadi 5971/SK/BAN-PT/Ak-PNB/S/IX/2022.

Hingga  Wisuda Angkatan XX, STIPAS Keuskupan Agung Kupang telah menghasilkan 3.934  lulusan dengan rincian Jenjang Diploma Dua sebanyak 723 orang dan Jenjang Strata Satu 3.211 orang. Selanjutnya setelah memenuhi segala persyaratan dan tuntutan akademik maka pada Tahun Akademik 2022/2023, STIPAS Keuskupan Agung Kupang kembali melaksanakan Wisuda Angkatan XXI sebanyak  67 orang Sarjana Strata Satu (S1) dalam Rapat Senat Luar Biasa STIPAS Keuskupan Agung Kupang pada Sabtu, 7 Oktober 2023.